Умная мысля приходит опосля (с) народная мудрость.Почему то коряво записались данные в БД.
Я догадался, как и почему так получилось.
Вот ту вы... эээ... слукавили, скажем так. Иначе я бы сразу догадался.Устанавливал сразу вторую вашу версию расширенную.
Вы сначала поставили первый вариант модуля, который всего с четырьмя настройками (как раз теми, которые у Вас и пропали).
В этом варианте настройкам модуля жестко присваивалась группа номер 98 (все настройки побиты на группы, штатно есть 1-4) и в админке модуля показывались настройки 98-й группы.
Во втором варианте модуля группа присваивалась уже более рационально - первая свободная, а не 98. Скорее всего, в вашем случае это было 5. Т.е. создались новые настройки с группой 5, но только те, которых еще не было. А те, что уже были - те самые четыре настройки - не создались, ведь они уже есть. Хотя и с группой 98. А во втором варианте модуля показываются настройки не 98-й группы, а той, с которой были созданы настройки второго варианта модуля. Т.е. пятой группы. Поэтому вы в админке видели все настройки за исключением тех, которые были созданы первым вариантом модуля.
Ну а когда Вы все настройки из SETTINGS_TABLE удалили, то заново они создались уже нормально, с правильной группой.